Ďalšou raritou malackého františkánskeho chrámu Nepoškvrneného Srdca Panny Márie je
organ.
Je umiestnený v zadnej časti chrámovej lode na chóre (z latinského slova chorus – spevokol, zástup ). Vyhotovil ho františkánsky fráter Quido Ignác Dietrich v roku 1729 doslova „na kolene“. Františkánom sa podarilo nazhromaždiť potrebné množstvo cínu na organové píšťaly roztavením starých cínových pohárov, patén, ozdobných váz a zvyškov starých cínových píšťal. Zvyšnú časť cínu dodalo panstvo. Tak od pamätnej omše v tomto roku chrámom Nepoškvrneného počatia zaznievajú organové melódie. Údržbu a opravy organu robil až do roku 1792 Jozef Valachovský, učiteľ a organista zo Záhorskej Bystrice. Ďalšiu opravu vykonal v roku 1815 farský organista Ján Barduna. V roku 1851 bol organ vo veľmi zlom stave, ale nedostatok peňazí neumožnil opravu, tak františkáni zakúpili u Karola Klöcknera aspoň nové mechy. V rokoch 1866 – 1867 brezovský organár Martin Šaško vykonal generálnu opravu. Po tridsiatich rokoch vykonal ďalšiu opravu Šaškov žiak Vincent Moszny. Zároveň Alojz Veselý vykonal rekonštrukciu a výzdobu chrámovej skrine. Po týchto dvoch opravách a rekonštrukcii chrámovej skrine dostal organ zhruba dnešný vzhľad. Koncom prvej svetovej vojny zbrojná výroba potrebovala ďalšie farebné kovy na výrobu zbraní. Prišiel rad aj na organové píšťaly. Tak od 6. marca 1918 až do 12.decembra 1924 sa v malackom chráme slúžili omše bez hudobného doprovodu organa. V tomto roku dala organ znova do chodu firma J. Tučka v Kutnej Hore. Organ bol vyčistený, bol vybavený novými píšťalami a novými mechmi. Polovicu z opravy, ktorá stála 11 000 Kč, zaplatil patronát a druhú polovicu zozbieral fráter L. Peterka po okolitých dedinách. V roku 1929 navrhol a dohodol vzdelaný hudobník a komponista páter Vendelín Jozef Kučera s patronátom rekonštrukciu organa. Nevyhovoval mu svojou koncepciou. Okrem iného bol inštalovaný na vháňanie vzduchu elektrický motor. Táto rekonštrukcia bola dokončená 2. februára 1930. V rokoch 1964/65 bol už organ opäť v dezolátnom stave. Rovnako ako predošlú opravu aj túto vykonala firma z Kutnej Hory. Zaplatená bola zo zbierok vykonaných medzi farníkmi. Okrem lokálneho významu patrí tento organ aj do kultúrneho dedičstva celého národa.
V novembri roku 1989 sa odohrala Nežná revolúcia, ktorá znamenala pád socializmu a nastolenie náboženskej slobody. V malackom chráme sa obnovili tradičné chrámové koncerty. Od vtedy tu hosťovalo viacero výborných hudobníkov, medzi inými aj operný spevák Martin Babiak, ktorý bol doprevádzaný organom.