Chrám je s kláštorom spojený chodbami a chórom
Chrámová loď je v barokovom štýle. Po jej bokoch sú kaplnky a vpredu je zakončená svätyňou, kde je umiestnený hlavný oltár. Na stene ľavej časti svätyne sa nachádza epitaf grófa Mikuláša Pálfyho. Chrámová loď je vzadu zakončená chórom. Na pravej strane v strede chrámu je vchod do Kaplnky Bolestnej Panny Márie a Márie Magdalény. Za ňou je Kaplnka Svätých schodov. Oproti sa nachádza Loretánska kaplnka, cez ktorú sa dá schodmi prejsť na chór. Ďalšie dve na ľavej strane stratili prestavbami svoj charakter. Kaplnku Božieho hrobu v strede prerobili na Lurdskú kaplnku a Kaplnka svätej Anny bola prebudovaná na Pálfiovské pohrebisko, cez ktoré sa vchádza do podzemných krýpt. Oproti je vchod do sakristie, kde sú uložené bohoslužobné rúcha, nádoby a knihy. Za pozornosť stoja aj tri bočné oltáre a štrnásť obrazov krížovej cesty zdobiacich steny chrámovej lode.
Hlavný oltár
Po vstupe do chrámu pozornosť každého návštevníka upúta veľkoleposť hlavného oltára. Právom je najcennejšou cirkevnou i kultúrnou pamiatkou nášho mesta. Pochádza z prvej polovice 18. storočia, ale jeho autorstvo je bohužiaľ doposiaľ nevyriešenou otázkou. V niektorej literatúre sa uvádza, že pochádza z dielne talianskeho majstra Segéna, to však bolo v poslednom čase spochybnené. Celý je vyrezávaný z dreva, kolorizovaný a bohato pozlátený. Tak isto ako chrám, je zasvätený Nepoškvrnenému Počatiu Panny Márie, svedčí o tom aj ústredný motív zadnej dekoratívnej časti – socha Panny Márie (Nepoškvrneného Počatia) v nadživotnej veľkosti. Socha stojí na mesiaci vznášajúcom sa nad zemeguľou a šliape hlavu hada, ktorá symbolizuje diabla. Hlavu sochy zdobí veniec z dvanástich hviezd – dvanásť žiaroviek, ktoré aj v tme osvetľujú tvár Panny Márie a dodávajú soche neobyčajné čaro. Je priam predurčený rozjímaniu a modlitbám.Okolo sochy sa vznáša šesť anjelov nesúcich symboly oslovení. Márie z Loretánskych litánií. Vľavo: Dom zlatý, Brána nebeská, Stolica múdrosti. Vpravo: Veža zo slonovej kosti, Zrkadlo spravodlivosti, a Ruža duchovná. Nad týmto výjavom je umiestnené súsošie Najsvätejšej Trojice, pretože malacká farnosť je zasvätená práve jej. Boh Otec je už tradične spodobený ako starec so zemeguľou. Vedľa neho je socha Zmŕtvychvstalého Krista – Jeho syna. Duch Svätý je v podobe holubice, z ktorej vyžarujú lúče (symbol lásky medzi Otcom a Synom). Súsošie je umiestnené v oblakoch „nebo“, takže celý výjav Svätej Trojice s Pannou Máriou môže neznalým pripomínať vyobrazenie Nanebovzatia Panny Márie. Obe, vrchná i spodná časť oltára, sú uzavreté z oboch strán trojicou korintských stĺpov. Po bokoch stĺpov sú umiestnené štyri sochy. A to vo vrchnej časti, po bokoch Svätej Trojice, vľavo svätá Bonaventúra a vpravo svätý Ján Kapistrán. Obaja patria k františkánskym svätcom. Po bokoch spodnej časti sú sochy vľavo je to socha sv. Kláry, priateľky svätého Františka, a vpravo svätej Alžbety Durínskej. Vrchol oltára je zakončení ozdobnou kartušou s pálffyovským erbom. Posledná oprava oltára bola v roku 1969. Oltár bol rozobratý, v štátnych reštaurátorských dielňach reštaurovaný a konzervovaný. Pred touto dekoratívnou časťou sa nachádza funkčná časť oltára, takzvaná oltárna menza s bohostánkom, v ktorom sú uložené hostie. Nad svätostánkom sa vznášajú dvaja anjeli držiaci striebornú drapériu a symboly chleba a vína; obilie a vinič. V roku 1957 bola zadná časť oltárnej menzy vymenená, pretože narúšala celkovú umeleckú koncepciu oltára. Dnes sa už bohoslužby neodbavujú pri oltárnej menze, ale podľa nariadenia II. Vatikánskeho koncilu r.1963 – 1965, bol v svätyni nainštalovaný obetný stôl. Bohoslužby sa odvtedy vykonávajú tvárou k ľudu, aby boli veriaci s kňazom v priamom kontakte.
Bočné oltáre
Okrem hlavného oltára sa v chráme nachádzajú aj tri bočné oltáre. Dva z nich darovala chrámu v roku 1723 manželka Leopolda Pálffyho grófka Antonia Mária de Souchés. Sú skoro rovnaké, líšia sa však námetmi a rezbárskou výzdobou. Dvojice korintských stĺpov výborne korešpondujú s hlavným oltárom. Bočný oltár stojaci napravo je zasvätený svätému Antonovi Paduánskemu, svätcovi františkánskej rehole. V oltárnom nadstavci je z úcty k manželovi darkyne namaľovaný obraz svätého Leopolda. Ľavý oltár je zasvätený svätému Františkovi z Assisi, zakladateľovi rehole. V nadstavci je obraz svätého Mikuláša, patróna mnohých Pálffyovcov. Na ľavej strane chrámovej lode je umiestnený aj najmladší bočný oltár. Obraz umiestnený v imitovanej skalnej jaskynke (vytvorenej vyhĺbením do steny) nám prezrádza, že oltár je zasvätený Božskému srdcu Ježišovmu. Po bokoch sú ešte dva menšie výklenky, rovnako na spôsob jaskynky, v ktorých sú umiestnené sochy Panny Márie a svätého Jozefa.
Chrámové nástenné maľby
Chrámové steny boli až do roku 1928 iba vybielené. V tomto roku na podnet pátra Jozefa Vendelína Kučeru (malackého rodáka) dal knieža Mikuláš Pálfi chrám vymaľovať. Maľovanie a čiastočné úpravy vykonal František Maľovaný so svojimi spolupracovníkmi: akad. maliarom Norbertom Pokorným, dvoma Nemcami (Hoffmanom, meno druhého nepoznáme) a malackým maliarom Kvasnicom. Maľovaný zobrazil na svojich najvýznamnejších dielach Ježiša s deťmi a dvoch anjelov na oblúku svätyne, štyroch evanjelistov so symbolmi na klenbe svätyne, taktiež obrazy svätých na klenbe chrámovej lode, Obraz svätého Antona ako káže rybám a dva výjavy zo života svätého Františka na chóre. Významné sú aj tri obrazy Pokorného a tiež maľby dvoch Nemcov. Pokorného obrazy majú námety: obhajoba svätého Františka pred biskupom, obhajoba svätého Františka pred pápežom a svätý František pri prvých jasličkách vo Valle Grecio. Hoffman s druhým Nemcom namaľovali obrazy: svätý František so svojimi druhmi a svätá Klára ako prijíma mníšsky habit. Kvasnica namaľoval drapérie a rámy obrazov. Celá oprava stála 98 500 korún, z toho maľovanie 69 000 korún a ostatné opravy 29 500 korún. Maľovaný si za ňu vyslúžil prívlastok „dobrý maliar“.
Krížová cesta
Na chrámových stenách je rozvešaných štrnásť obrazov krížovej cesty. Zobrazujú utrpenie Ježiša Krista cestou na kalváriu. Obrazy pochádzajú z roku 1892, sú zasadené v ozdobných rámoch, z ktorých vyčnievajú svietniky. Tie sa však od roku 1925 nepoužívajú, pretože v tomto roku bolo v kostole zavedené elektrické osvetlenie. V roku 1998 vykonal akad. maliar P. Marcel reštaurovanie krížovej cesty. Očistil nánosy na jednotlivých obrazoch, čo rozžiarilo už veľmi stmavnuté farby. Toto reštaurovanie stálo 60 000 Sk. Každoročne sa v pôstnom období pri obrazoch krížovej cesty sa modlí tzv. Pobožnosť krížovej cesty. Veriaci sprevádzaný krížom so sviečkami prechádzajú pri štrnástich obrazoch – zastaveniach a rozjímajú nad Kristovým umučením.